Научная группа структурной биологии

Назначение лаборатории

Исследование функций и взаимодействий биополимеров с точки зрения биофизики

Научное направление

Изучение физики биополимеров

Задачи

Среди задач нашей лаборатории - моделирование змеиных ядов с белками крови с помощью методов молекулярной динамики, разработка методов улучшения структур, полученных с помощью моделей фолдинга, поиск новых моделей для определения структур биополимеров in silico

Методы

1.     Молекулярная динамика (пакеты GROMACS, AMBER, OpenMM) и производные методы - метадинамика, umbrella sampling, MMPBSA и подобные

2.     Молекулярный докинг, построенный на различных принципах (эмпирические потенциалы, генеративный AI)

3.     ML-фолдинг

Материально-техническое оснащение,

Наша группа имеет доступ к нескольких высокопроизводительным кластерам с GPU, на которых выполняются расчеты