Կառուցվածքային կենսաբանության գիտական խումբ
Լեոնիդ Սւռոշլեվ
Գիտական խմբի ղեկավարФիզիկամաթեմատիկական գիտությունների թեկնածու
E-mail: leoniduroshlev@gmail.comԼաբորատորիայի նպատակը
Կենսապոլիմերների գործառույթների և փոխազդեցությունների ուսումնասիրություն կենսաֆիզիկայի տեսանկյունից
Գիտական ուղղություն
Կենսապոլիմերների ֆիզիկայի ուսումնասիրություն
Առաջադրանքներ
Մեր լաբորատորիայի խնդիրներից են արյան սպիտակուցներով օձի թույնի մոդելավորումը մոլեկուլային դինամիկայի մեթոդների միջոցով, ֆոլդինգի մոդելներից ստացված կառուցվածքների բարելավման մեթոդների մշակումը, silico-ում Կենսապոլիմերների կառուցվածքների որոշման համար նոր մոդելների որոնումը
Մեթոդներ
Մոլեկուլային դինամիկա (GROMACS, AMBER, OpenMM փաթեթներ) և ածանցյալ մեթոդներ ՝ մետադինամիկա, umbrella sampling, MMPBSA և այլն
Մոլեկուլային դոկինգ, որը կառուցված է տարբեր սկզբունքների վրա (էմպիրիկ ներուժ, գեներացնող AI)
Մլ-ֆոլդինգ
Նյութատեխնիկական հագեցվածություն,
Մեր խումբը մուտք ունի մի քանի բարձրակարգ GPU կլաստերներ, որոնց վրա կատարվում են հաշվարկներ:
Հրապարակումներ
Publications:
1. Maksim Kazanskii, Maria Golikova, Artem Kasianov, Anna Ivanova, Alibek Suraganov, Leonid Uroshlev Assessing the feasibility of machine learning for ancient DNA age prediction: limitations and insights //Biology Methods and Protocols. – 2026. – С. bpag028.